碳源一般用于污水處理中，其目的是通過生化法去除污水中的氮磷等污染物，主要作用是作為微生物營養源對微生物生長代謝提供細胞活動所需的能量。
水處理中常說的C:N:P=100:5:1，通常情況下認為，C就是COD，污水處理碳源供應商，N就是水中氨氮，P就是總磷，100:5:1就是指的濃度比，根據水質分析結果，看C:N:P是不是大致按照100:5:1比例，如果不是就根據這個比例為基準，可算出需要N和P，一般投加尿素和磷酸。算的時候一定也要考慮尿素和磷酸中N、P的實際含量。
厭氧或缺氧條件，當污水中的可降解有機物不足時，則需要額外投加營養物。CH3COOH+8NO3-→6H2O+10CO2+4N2+8OH-+能從式子中可以看出，所謂碳源并不是給反硝化提供碳，而是作為還原劑提供電子。
若以乙酸鈉（CH3COONa)作為碳源，是小分子有機酸的原因， 反硝化菌易于利用，脫氮效果是較好的。一般冬天時投加碳源，都是建議可以選擇乙酸鈉作為碳源投加，易溶于水，易被微生物所利用，所產生的污泥量相比于其他碳源時略高。