碳源提供細胞組分或代謝產物種碳素來源的各種營養物質稱為碳源。
提供細胞組分中氮素來源的各種物質稱為氮源。營養元素碳氮的比例關系稱為碳氮比。微生物常用的碳源物質分為有機碳源和無機碳源兩種。有機碳源包括各種糖類、蛋白質、脂肪、有機酸等。無機碳源主要是CO2（CO32－或 HCO-3）。氮源也可分為兩類：有機氮源（如蛋白質、蛋白胨、氨基酸等）和無機氮源（如NH4Cl、NH4NO3等）。
廢水生物處理方法有：
污水處理廠都是生物化法處理污水，生物化學法指通過微生物處理含重金屬廢水，將可溶性離子轉化為不溶性化合物而去除。硫酸鹽生物還原法是一種典型生物化學法。該法是在厭氧條件下硫酸鹽還原菌通過異化的硫酸鹽還原作用，將硫酸鹽還原成H2S，廢水中的重金屬離子可以和所產生的H2S反應生成溶解度很低的金屬硫化物沉淀而被去除，同時H2SO4的還原作用可將SO42-轉化為S2-而使廢水的pH值升高。
用于污水處理的碳源有甲醛、乙酸、乙酸鈉、葡萄糖、面粉等簡單有機物，但是這些東西都有相應的缺陷，且價格不低。要選擇水處理碳源，小分子碳源用于污水處理，綜合比較理想。
最近兩年環潔化工推廣新型復合碳源，以多種有機物質為原料，經過發酵和特種酶水解技術生產的一種新型碳源產品。并且復合碳源具有少量投加，易被微生物吸收利用，減少有機污泥產量，提高污泥活性的特點。它是污水生化系統啟動調試或縮短恢復時間的必備碳源產品，同時也是傳統脫氮、氯酸鹽去除工藝的碳源首選。