微生物在污水中能繁殖生長，并通過氧化還原發酵等途徑分解氧化有機物，把有害有毒物質轉化成無害無毒有機物，從而在污水治理中發揮作用。
微生物在污水處理中的優勢：
利用微生物治理污水是環保產業的主攻方向，其應用前景廣闊，具體作用表現在以下幾個方面：
1、節約水資源，降低能耗和成本
2、利用有益菌群原液比一般凈化槽處理污水，大大縮短曝氣時間，提高功效
3、治污效果顯著，如有機氮、金屬離子、COD、BOD等均下降至國標以下標準，而DO上升，水質得到改善
4、處理污水中的重金屬等，消毒害
5、抑制病原菌，消除異味，改善空氣質量
6、可清除糞便惡臭，凈化生態環境，減少畜禽的臭味，明顯的抑制了蚊蠅滋生。
城市的污水處理以及有機性產業廢水的處理，通常都采用活性污泥法。活性污泥就是細菌、霉菌類、藻類、原生動物、輪蟲類、線蟲類等各種微生物的集合體。污染物在被活性污泥吸附后就成為這些微生物的營養源，被吸收除去。
排水凈化要涉及到很多種微生物，但并非需要同時具備這些微生物。根據排水的凈化程度以及與其相關聯的微生物關系可發現它是有一定模式的。