城市污水處理廠普遍存在著反硝化碳源不足的問題，這一問題已經成為了制約生物脫氮效率的重要因素。解決碳源不足的問題，通常有利用內部碳源和投加外部碳源兩種辦法。在進行污水處理廠外加碳源設計或選擇時，要考慮其經濟成本和效益，同時也要兼顧碳源本身的安全性，以及生物池內的實際有效停留時間等因素。
碳源不足的解決辦法
1、反應池進水不全部進入厭氧區，而是部分進入缺氧區，以保證缺氧區反硝化有充足碳源；
2、二沉池部分回流污泥進入反應池的缺氧區，為反硝化補充碳源；
3、采用食品廠、造紙廠等某些高濃度有機廢水作為外加碳源等措施；
4、直接投加外部碳源。
外加碳源的選擇原則
1、外加碳源應易被微生物降解，易被反硝化菌利用，不存在殘留物對后續出水達標造成不利影響的問題；
2、反應速度足夠快，確保所投加的碳源盡量在厭、缺氧功能區內耗盡，避免增加后續曝氣系統的負擔和運行成本；
3、不會對系統內的微生物種群類型和含量造成影響，避免投加碳源前后出現微生物的短暫適應性問題；
4、價格便宜，安全性好，且易于投加、保存和運輸，可就近獲得。