有機物質濃度
水中有機物的濃度是影響厭氧磷釋放的另一個因素，某大學的一個研究小組調查了農村和城市污水的水質，發現流入TKN/COD0.14，即使采用UCT工藝，其脫磷效果也很差。當然，該比率基于南非的城市污水成分，在其他國家/地區中，污水中易生物降解的底物的濃度會有所不同，其比例也會相應改變。據報道，當TKN/COD為0.13時，西歐脫磷工廠具有良好的脫磷效果。
碳源類型和濃度
除磷劑生物除磷
廢水中有機物的成分，特別是其生物降解性，極大地影響了除磷過程的性能。生物除磷的機理表明，生物除磷需要足夠的碳源以滿足聚磷菌厭氧段的磷釋放要求。同樣，如果不合成細胞內聚合物，就不能消除無效的磷釋放。富磷細菌用于易分解的小分子，并且它們觸發磷釋放的能力比有機物強得多，有機物在高分子量時難以分解。
最近的研究表明，在生物去磷酸化中，由于聚磷菌和聚糖菌之間的競爭而導致的不同類型碳源之間的競爭，會導致不同碳源釋放出不同程度的磷。GAOs吸收水中的有機物并在厭氧區合成PHAs，但不會釋放磷。當聚糖菌在競爭中占主導地位時，污泥的磷釋放能力將大大降低。當C/P比超過50 mg COD/mgP時，除磷效率降低，這主要是因為聚糖細菌目前具有足夠的碳源來支持其生長。