(1)pH值
硝化菌對pH值的變化非常敏感，最佳pH值為8.0 ~ 8.4。在此最佳pH條件下，硝化細菌的最大比例可能達到最大增殖速度。如果PH值小于6或大于9.6，硝化將停止。反硝化菌,污水處理菌種,總氮超標 反硝化菌的最佳pH值為6.5 ~ 7.5，在此pH條件下，反硝化速度最高，pH值高于8或低于6，反硝化速度下降得非常快。
(2)溶解氧(DO)
氧在硝化過程中是電子受體，在反應器中溶解氧的高低一定會影響硝化過程。在硝化的曝氣池內，測試結果表明DO含量必須小于1mg/L，通常為1 ~ 2 mg/l。 反硝化菌只有在沒有分子性氧氣，同時有NO3-和NO2-的情況下，才能利用這些離子的氧氣呼吸，還原硝酸鹽。有溶解氧時，反硝化菌首先利用溶解氧。這妨礙了反硝化的進行。但是，當水中有少量溶解氧時，污泥絮體內部仍然處于厭氧狀態，因此反硝化反應并不要求DO嚴格為零。反硝化菌最好生活在厭氧、好氧替代的所謂“同時氧”環境下，DO應控制在0.5mg/L以下。
(3)碳源
硝化細菌是滋養型細菌，有機物濃度不是生長限制因素，所以含碳有機物的濃度不能太高，一般BOD值必須低于20mg/L。如果BOD的濃度太高，從屬營養細菌會迅速繁殖，自養分型硝酸桿菌無法占優勢，不能成為優勢，硝化更困難。污水處理菌種,總氮超標 反硝化過程中BOD/N是控制反硝化效果的重要因素。可用于反硝化細菌的碳源分為污水中包含的碳源和附加碳源。這可以直接用于反硝化過程。一般認為，污水中有BOD5/TN > 3 ~ 5表示碳源充足，不需要碳源。低于此值，需要補充所需的外來碳源，通常需要補充生化性好的物質碳源。
(4)溫度
適合硝化的溫度為20 ~ 30 ，15 以下，硝化速度下降，5 完全停止。 反硝化反應可發生在15 ~ 35 的溫度范圍內，溫度低于10或超過30 ，反硝化速度明顯降低。溫度在3 以下時，脫硝作用停止。
(5)生物固體的平均停留時間
生物脫氮工藝的生物固體平均停留時間(SRT)主要由亞硝酸鹽一代控制。一般生物脫氮工藝的污泥齡為2 ~ 4d，有時可達10 ~ 15d或30d。污泥年齡長，生物硝化能力提高，有毒物質抑制減少，但污泥年齡長，污泥活性降低，影響處理效果。SRT值與溫度密切相關，如果溫度低，則需要顯著提高SRT值。
(6)有毒物質
不僅是重金屬，對硝化有抑制作用的物質也是高濃度NH4 -N，高濃度NO2-n和NO3-n，有機物，復合量。