投加碳源目的是為了脫氮，因此在選擇碳源的時候，要兼顧污水處理廠的運行穩定，如盡可能的避免污泥膨脹、出水COD升高、亞硝基氮累積等。
水體不穩定，水中缺碳是關鍵原因。缺乏碳源，有益微生物缺少能量，分解水體中的有機質效率差，此時水體就會變得越來越臟。對于碳源認識不足，很多人一味地追肥或用活菌，往往起到相反作用，使氨氮升高、有機污染物加大，水色變濃，引起缺氧。
隨著污水脫氮要求的提高，新興起專業生產碳源的企業，他們通過生物工程原理，對一些糖類、農產品廢料等進行發酵，生產無毒無害的生物制品，主要組分是小分子有機酸、醇類、糖類。
城市污水普遍存在反硝化碳源不足的問題，碳源不足已成為制約生物脫氮效率的重要因素，污水處理廠選擇外加碳源時，不僅要考慮其經濟成本和效益，同時需要兼顧碳源本身的安全性，以及生物池內的實際有效停留時間等因素。