碳源是有機物，有機物作為電子供體，其本身的分子結構和所含化學鍵能的高低以及該有機物是否易于生物降解、對微生物有沒有毒害影響是判斷碳源種類的重要依據。
目前反硝化補充碳源主要使用的有機物質有：甲醇、乙醇、葡萄糖、淀粉、乙酸鈉、糞便、有機碳源等。其中成本、安全和適用性成為選擇哪一種碳源的依據。
碳源投加點應在反硝化池前端進行，必須實現投藥與進水及回流液充分混合。混合后在階段曝氣和潛水攪拌機的作用下，與反硝化污泥繼續充分混合。只有碳源、污水和污泥充分混合的情況下，才能保證反硝化細菌與污染物質充分接觸并進行足夠時間的反硝化作用，達到最佳的處理效果。
投加點可以設置在進水管道上，也可以設置在反硝化池進水端口，需要注意的是盡量避免短流，并保證反硝化池的充分攪拌。攪拌不應過度，過大的水力攪拌強度會造成水力切削和污泥過度碰撞，造成污泥絮體的物理性解體，并且造成碳源難以吸附在污泥表面上，影響反硝化效率。
碳源的投加以粗放式和精確式進行，碳源補充應盡量以液態方式進行。條件不滿足的情況下，可以根據技術人員的經驗，以固態碳源的形式，稱重后撒入反硝化池前端。該方式誤差較大，并應考慮固態碳源入水后的溶解和水解、電離等過程的時間問題。
條件滿足的情況下，應盡量以溶液形式投加碳源，并做好計量或自動控制。碳源溶液的濃度以高量、較低濃度為宜。
投加前還應注意藥品的預處理，加藥泵前過濾，藥品質量控制等問題。