含磷廢水處理主要是通過各種藥劑處理來實現，生物除磷效果不理想，主要是主要是聚磷菌的代謝或者活性受到了干擾或者抑制，所以想要找出化學除磷效率低的原因，應該從影響聚磷菌的因素下手找原因：溫度、pH值、厭氧池DO、厭氧池硝態氮、泥齡、RBCOD含量、碳源。
1、溫度
溫度對除磷效果的影響不如對生物脫氮過程的影響那么明顯，在一定溫度范圍內，溫度變化不是十分大時，生物除磷都能成功運行。試驗表明，生物除磷的溫度宜大于10℃，因為聚磷菌在低溫時生長速度會減慢。
2、pH值
在pH在6.5一8.0時，聚磷微生物的含磷量和吸磷率保持穩定，當pH值低于6.5時，吸磷率急劇下降。當pH值突然降低，無論在好氧區還是厭氧區磷的濃度都急劇上升，pH降低的幅度越大釋放量越大，這說明pH降低引起的磷釋放不是聚磷菌本身對pH變化的生理生化反應，而是一種純化學的“酸溶”效應，而且pH下降引起的厭氧釋放量越大，則好氧吸磷能力越低，這說明pH下降引起的釋放是破壞性的，無效的。pH升高時則出現磷的輕微吸收。
3、溶解氧
每毫克分子氧可消耗易生物降解的COD3mg,致使聚磷生物的生長受到抑制，難以達到預計的除磷效果。厭氧區要保持較低的溶解氧值以更利于厭氧菌的發酵產酸，進而使聚磷菌更好的釋磷，另外，較少的溶解氧更有利予減少易降解有機質的消耗，進而使聚磷菌合成更多的PHB。而在好氧區需要較多的溶解氧，以更利于聚磷菌分解儲存的PHB類物質獲得能量來吸收污水中的溶解性磷酸鹽合成細胞聚磷。厭氧區的DO控制在0.3mg/l以下，好氧區DO控制在2mg/l以上，方可確保厭氧釋磷好氧吸磷的順利進行。
4、厭氧池硝態氮
厭氧區硝態氮存在消耗有機基質而抑制PAO對磷的釋放，從而影響在好氧條件下聚磷菌對磷的吸收。另一方面，硝態氮的存在會被氣單胞菌屬利用作為電子受體進行反硝化，從而影響其以發酵中間產物作為電子受體進行發酵產酸，從而抑制PAO的釋磷和攝磷能力及PHB的合成能力。每毫克硝酸鹽氮可消耗易生物降解的COD8.5mg，致使厭氧釋磷受到抑制，一般控制在1.5mg/l以下。
5、泥齡
污泥齡越小，除磷效果越佳。這是因為降低污泥齡，可增加剩余污泥的排放量及系統中的除磷量，從而削減二沉池出水中磷的含量。但對于同時除磷脫氮的生物處理工藝而言，為了滿足硝化和反硝化細菌的生長要求，污泥齡往往控制得較大，這是除磷效果難以令人滿意的原因。
6、RBCOD(易降解COD)
研究表明，當以乙酸、丙酸和甲酸等易降解碳源作為釋磷基質時，磷的釋放速率較大，其釋放速率與基質的濃度無關，僅與活性污泥的濃度和微生物的組成有關，該類基質導致的磷的釋放可用零級反應方程式表示。而其他類有機物要被聚磷菌利用，必須轉化成此類小分子的易降解碳源，聚磷菌才能利用其代謝。
7、碳源
碳源在好氧環境下形成，儲存能量在厭氧環境下代謝形成為PHAs的合成的原料NADH并為聚磷菌代謝提供能量。所以在延遲曝氣或者過氧化的情況下，除磷效果會很差，因為過量曝氣會在好氧環境下消耗一部分聚磷菌體內的碳源，導致厭氧時形成PHAs的原料NADH的不足。
生物除磷的過程中溫度、PH值、溶解氧、厭氧池、泥齡、易降解的COD、碳源六大因素決定，影響的因素越多，在除磷效果上就很難達到最佳效果。其中有一方的因素發生變化，都會引進除磷效果的不理想。這也造成了含磷廢水處理的很大的不確定因素。