污水處理廠在選擇外加碳源的時候應綜合考慮安全性、經濟性及反硝化速率。水處理碳源的運輸和儲存應規避易燃易爆的風險，安全生產已是各企業不可忽視的重要制度。不同的水處理碳源配方在同樣一個反硝化工藝上會表現出不同的碳氮比、不同的微生物增長速度、不同的反硝化速率等。因此我們在水處理碳源配方的設計在前置反硝化和后置反硝化會有區別。前置反硝化更加注重低碳氮比、微生物適量增長、反硝化速率適當的產品。后置反硝化濾池更加注重低碳氮比、微生物增長慢、反硝化速率快的產品。
維持微生物所需要的能量。污水處理菌種生化調試培養需要投加碳源、氮源、磷源，微生物在生化池中繁殖需要大量的能量，在培養過程中污水的進出水口需要關閉幾天，沒有污水流進，沒有補充營養源，微生物在繁殖沒有食物飲食，從而導致死亡。
在調試培養微生物碳源嚴重不足會影響生化過程，脫氮除磷能力與效率主要因素。目前城市污水處理廠排放標準日趨嚴格，對于出水的氨氮、總磷、總氮等指標都有嚴格的要求，提標改造過程中，總氮的控制比其它指標更為困難。