(1)碳源
反硝化細菌所能利用的碳源是多種多樣的，但從廢水生物處理生物脫氮角度分為三類，廢水中所含的有機碳源、外加碳源、內碳源。廢水中各種有機基質都可以作為反硝化過程中的電子供體，當廢水中有足夠的有機物質，就不必另外投加碳源。一般實際工程中應控制BOD5／TN大于4：1。當廢水中碳氮比過低，即BoD5／TN小于3：1時，需要另外投加碳源才能達到理想的去碳效果。
(2)溶解氧氧的存在會抑制硝酸鹽的還原，其原因主要為：
一方面阻抑硝酸鹽還原ø的形成，另一方面可作為電子受體，從而競爭性地阻礙了硝酸鹽的還原。所以對于生物反硝化系統都必須設立一個不充氧的缺氧池或缺氧區段，以便使硝酸鹽通過反硝化途徑轉化成氣態氮。對于曝氣生物濾池反應器屬于生物膜法反硝化，由于生物膜層從內到外依次存在厭氧層、缺氧層、好氧層和水膜層，雖然生物膜外層有一定的溶解氧存在，氧在向膜內層轉移過程中不斷被膜微生物所消耗，其內層呈缺氧狀態，即使反應器中存在一定濃度(>O．5mg／L)的溶解氧，反硝化作用仍然能進行，當然其所允許的溶解氧值與生物膜的厚度等參數有關。正由于生物膜這一特殊結構，使得好氧反應器在硝化的同時能進行部分反硝化作用。
(3)溫度
反硝化細菌對溫度變化雖不如硝化細菌那樣敏感，但反硝化效果也會隨溫度變化而變化。溫度越高，反硝化速率也越高，在30～35℃時，反硝化速率增至大。當溫度15℃時，反硝化速率將明顯降低，至5℃時，反硝化作用將趨于停止。因此，在冬季要保證脫氮效果，就必須提高生物膜量，適當減少濾池反沖洗次數及降低負荷(水力負荷)等措施來補救。
(4)pH值和堿度
反硝化細菌對pH值變化不如硝化細菌敏感，在pH值為6～9的范Χ內，均能進行正常的生理代謝，但生物反硝化的佳pH值范Χ為6．5～8．O。當pH值>7．3時，反硝化的終產物為N2，當pH值<7．3時，反硝化的終產物為N2 O。
pH值控制的關鍵在于生物硝化，只要pH值變化不影響硝化的順利進行，則肯定不會影響反硝化；反之，當pH值變化對硝化產生較大影響，使之不能順利進行時，不管pH值對反硝化是否影響，脫氮效果都不會理想。在生物反硝化過程少將ÿ克NOf—N轉化為N2，約可產生3．57g堿度，這樣可補償生物硝化所消耗的堿度的一半左右。由此，很多本應外加堿源才能順利進行硝化的污水，可以不再需要加堿。