常用的碳源：甲醇、乙酸、乙酸鈉、面粉、葡萄糖、生物質碳源、污泥水解上清液、啤酒廢水及垃圾滲濾液等。
在理論上，各類碳源都能保證出水總氮達到排放標準，但要考慮多個因素：
1.碳源投加的成本投加成本是碳源的當量COD價格+投加量的綜合算法，需要理論計算加實際運行的投加量確定；
2.碳源產泥率投加碳源，必定會增加污泥的產量，而污泥處理成本很高，這個是選擇碳源必須考慮到的重要一項。
3.保證污水運行的穩定性投加碳源目的是為了脫氮，因此在選擇碳源的時候，要兼顧污水處理廠的運行穩定，如盡可能的避免污泥膨脹、出水COD升高、亞硝基氮累積等。
碳源的選擇，不是單純的經濟帳，而是與穩定運行實際相緊密結合的。科學的選擇碳源，才能有效的降低污水處理廠的運行成本和污水處理廠的穩定運行。
為了解決缺氧反硝化階段對碳源的需求問題，一方面可以通過增加反消化缺氧區的體積，延長反消化時間來增加脫氮效果，但這種方法需要擴建污水處理廠，基建費用高，可操作性不強;
另一方面，可以通過向缺氧區投加外碳源，以補充碳源的方式提高反消化速率，實踐證明，投加碳源是污水處理廠解決這類問題的重要手段。