微生物在污水處理廠生化系統調試、后期穩定運行和工藝調整過程中，起著很重要的指示作用，通過鏡檢活性污泥中的微生物狀況，可以獲得該活性污泥的相關性狀信息，對生產起到一定的指導作用。
1活性污泥鏡檢樣品采集
樣品采集對鏡檢結果影響比較明顯，采樣不當，得出的鏡檢結果會誤導我們對活性污泥進行參數的調控。為避免這類情況的發生，遵循規范的采樣方法、明晰采樣點顯得更為重要。
樣品采集位置
采集的活性污泥樣本位置和監測活性污泥沉降比一樣都是來自曝氣池末端的混合液，此位置的活性污泥混合液不論從活性污泥的穩定性、絮凝性、種群數量還是原生動物代表性來講都是佳的。
（1）穩定性方面
在曝氣末端，活性污泥處于減速增長期，活性污泥活性降低，穩定性就變得更加可靠了。
（2）絮凝性方面
因為活性污泥處于減速增長期，表現的活性污泥沉降性就更明顯，自然絮凝性就更佳。
（3）微生物種群方面
這里指的還是原后生動物種群，微生物的主體細菌種群不在討論之列。
活性污泥中原后生動物種群在曝氣池前端是非活性污泥類原生動物占優勢，在曝氣池中段是中間性活性污泥原生動物占優勢，而曝氣池末端占優勢的原生動物種類決定了活性污泥生物相所處的功能性狀。在此位置采集的活性污泥混合液進行生物相顯微鏡觀察，其結果更具代表性。
檢測液采集的方法
當我們在曝氣池末端采集到待測的混合液后，需要選取一滴到載玻片上，以備檢測。就這一過程需要注意以下幾點：
（1）所取活性污泥混合液在檢測前，要不停的緩慢搖動來避免發生絮凝沉淀。活性污泥發生絮凝沉淀后，如再次被攪勻，其隨后發生的絮凝效果將會略有減弱，上清液的細小絮體懸浮物將會增多，對觀察會造成一1定的誤導（如觀察到的活性污泥結構松散、細小、不密實、顏色偏淡等）。
（2）通常采集活性污泥樣本到載玻片上所用的工具是膠頭滴管。膠頭滴管伸入到被采集的活性污泥混合液前需要進行充分攪拌，使活性污泥懸浮于混合液中，同時膠頭滴管伸入到混合液中的深度也要控制好，一般到混合液的中部為宜。采集后，再將活性污泥混合液移動到載玻片前，可以將膠頭滴管內的混合液擠掉幾滴，然后將一滴活性污泥混合液置于載玻片上。
載玻片上所取的一滴混合液，在實際使用過程中是過量的，在蓋上蓋玻片時會有部分溢出而需要擦拭掉，否則，蓋玻片容易在載玻片上移動，同時被采集的這一滴獲悉功能的污泥混合液也會在高差、溫度等作用下發生內部流動或移動。為此擦拭掉這多余部分的活性污泥混合液是有必要的，我們可以按照1/4的活性污泥混合液比例來確定被擦拭掉的這一滴活性污泥混合液，也就是說在被擦拭掉后的待檢測樣品中，其實際采樣量為3/4滴活性污泥混合液。
污水處理廠正常運行狀況下，活性污泥的絮粒大、邊緣清淅、結構緊密，呈封閉狀態、具有良好的吸附和沉降性能。絮粒以菌膠團細菌為骨架，穿插生長一些絲狀菌，但絲狀菌數量遠少于菌膠團細菌，微型動物以固著類纖毛蟲為主，如鐘蟲、蓋纖蟲、累枝蟲等，還可見到楯纖蟲在絮粒上爬動，偶爾還可看到少量的游動纖毛蟲等，輪蟲生長活躍。
污水處理廠運行出現異常情況時，污泥出現絮體結構松散，絮粒變小，觀察到大量的游動型纖毛蟲類（豆形蟲屬、腎形蟲屬、草履蟲屬、波多蟲屬、滴蟲屬等）生物、肉足類生物（變形蟲屬和簡便蟲屬等）急劇增加的生物相，出現這種生物相時，污泥沉降性差，影響泥水分離。
要了解污水處理過程的變化或處理水的好壞，好直接研究分析細菌的生長情況。但是對于細菌的觀察、分類鑒定的時間很長，不能及時起到指導生產的指示和預報作用。微生物與細菌之間存在相互依存的功能關系；微生物個體大，便于觀察；對于環境變化比細菌敏感，更早也更容易反映環境的變化。直接觀察微生物的種類組成、數量、生長和變化狀況，也能反映出細菌的生長和變化情況，即間接地評價污水處理過程和處理效果的好壞，起指導生產的作用。