生化脫氮在污水處理中應用得十分普遍，但并不是每個效果都很好的，據調查發現，目前，污水處理廠的生化系統普通脫氮效果都比較差，并沒有達到原來設想的經濟性。這是為什么呢？
引起生化系統脫氮效果差的因素
碳氮比：目前大部分水廠的碳氮比嚴重失衡，存在氮含量很高，而碳含量很低，不能達到C/N為3-5。因此，靠其自身是很難達到脫氮的效果的，只能通過添加外來碳源來平衡碳氮比，以達到脫氮的效果。但是外加碳源就會額外增加噸水處理成本，因此，選擇合適、高效，同時能降低成本的碳源成為關鍵。
污泥活性差：目前生化系統脫氮效果差還有一個主要原因是脫氮微生物脆弱，不耐沖擊，硝化和反硝化菌群單一，數量少，脫氮微生物難以進行正常的繁殖，影響脫氮效果。
生化系統管理能力不足，生化處理系統的處理能力還與它們的生長環境（pH值、水溫、溶解氧、污泥泥齡等有很大關系，因此，管理人員對生化系統調試、維護要具有一定的專業性。
生化系統缺乏反硝化工藝，可以說反硝化脫氮是目前能夠生化系統能完全脫氮的一個不可少的條件。
外界溫度變化的影響。如冬季溫度很低，低于硝化反應所需最適溫度（5-35℃）和反硝化反應所需最適溫度（15-30℃）的范圍內，使得反應速率降低或停止。