1.進水中BOD、COD含量比設計值低，而氮、磷等指標則等于或高于設計值，從而增加污水脫氮除磷處理達標排放的難度;
2.工業廢水中的夾帶油污或有毒物質對城市污水處理廠的生物系統造成巨大影響，在極端情況下這些油污或有毒物質會使整個生物系統癱瘓，微生物菌種死亡，整個污水處理廠不得不重新培養活性污泥;
3.進水水質偏高，供氧與污泥脫水設備規格不能滿足污水與污泥處理要求。其中垃圾滲濾液引入給城市污水處理廠運行所造成的影響需要給予足夠重視。
對于污水收集與污水處理能力不協調的問題，需要有關主管部門將城市排水管網和污水處理廠建設納入城市建設近、遠期總體規劃，保證污水收集系統與污水處理廠同步或先行建設。同時做好新建污水處理廠服務范圍內污水水質調查，以合理確定設計進水水質。
出水水質
我國近年建設的城市污水處理廠基本要求達到國家GB18918-2002中的一級B標準，在一些地區還有要求達到一級A標準。即使是原有已建項目，也在逐漸進行升級改造，以提高污水減排效果。根據規定的污水處理排放標準要求，各城市污水處理廠采用適合于本地進水水質等客觀條件的污水處理工藝技術，并加強運營管理。然而，在污水處理廠的實際運行管理過程中，仍會遇到一些來自不同方面的問題而導致處理出水水質不達標。