補充外碳源是在不改變原有工藝池體結構及各功能區順序的情況下，針對短期內因水質波動引起碳源不足而提出的應急措施。一般供選擇的碳源可分為 2 類：
1）甲醇、乙醇、葡萄糖和乙酸鈉等有機化合物；
2）可替代有機碳源，如厭氧消化污泥上清液、 木屑、牲畜或家禽糞便及含高碳源的工業廢水等。相對糖類、纖維素等高碳物質而言，因微生物以低分子碳水化合物（如，甲醇、乙酸鈉等）為碳源進行合成代謝時所需能量較大，使其更傾向于利用此類碳源進行分解代謝，如反硝化等。
任何外碳源的投加都要使系統經歷一定的適應期，方可達到預期的效果。
針對要解決的矛盾主體選擇合適的碳源投加點對系統的穩定運行和節能降耗至關重要。 一般在厭氧區投加外碳源不僅能改善系統除磷效果，而且可增強系統的反硝化潛能；但是若反硝化碳源嚴重不足致使系統 TN 脫除欠佳時， 應優先考慮向缺氧區投加。