污水處理技術單一
就現目前而言，隨著社會的發展，很多城市都在逐漸將生態系統與污水處理技術相關要求進行有機結合，選擇比較合適的污水處理技術。從整體上來說，現階段我國對環境工程中的污水處理已經有了很大的進步，但是仍然免不了會存在一些問題。人們需要依據環境工程的實際需求，科學利用高負荷的生物薄膜以及一體化的氧化溝技術，對城市中的污水進行有效處理，不僅提高了污水處理的效果，還在一定程度上將相關處理技術的作用充分發揮出來。
缺少統一規劃
在進行污水處理的過程中，規劃設計相對統一的施工方案是很有必要的。如果設計的方案不夠合理，那么將會導致很多其他問題的產生，通常情況而言，僅僅只采取單一的技術來進行污水處理，效果將會很難得到保證。這就需要根據城市的規模和用水標準，制定出科學的污水處理計劃方案，同時，對于設計方案的更新也很重要，為了讓污水處理的效果得到更好的保障，相關的施工人員需要關注污水水質的變化情況，及時進行處理技術的更新。
機制不完善
有一些城市在剛開始建設污水排放管的時候，對于雨水與污水進行分流的情況沒有考慮清楚，在城市中人流量密集的區域，污水排放管的壓力急劇增加，尤其是在雨季，需要進行處理的污水量超乎人們想象。除此之外，城市中的污水管網需要盡可能滿足區域排水的相關要求，但是整體上對污水進行收集的效率就不高，同時，還有一些污水處理廠建設的時間比較長，沒有對設備與系統進行合理的更新和升級，已經很難適應現代化的污水處理需求。
缺少專業性人才
在對環境工程中的污水進行合理處理的過程中，需要有大量的技術和人才進行支撐，但是就目前而言，專業性較高的污水處理人才比較缺乏，而且技術相對落后。這就需要有效提高污水處理相關人員的專業素質，根據不同的城市要求制定出合適的處理方案，這樣在進行污水處理中遇到問題時，專業人員就能及時給出可行的建議。現在很多小城鎮中，進行污水處理使用的方案與技術都還是傳統性質的，再加上工作人員沒有足夠的專業能力，管理觀念也比較陳舊，導致污水處理的效果得不到提高。因此，需要相應的企業組織員工進行合理的培訓，引進一些先進的技術，知人善用，這樣能夠在很大程度上提高污水處理的質量和效率。