我國的制藥工業分為化學藥品原料藥制造、化學藥品制劑制造、中藥飲片加工、中成藥生產、獸用藥品制造、生物藥品制造和衛生材料及醫藥用品制造7個子行業。在這些子行業中，污染負荷量zui大的是化學藥品原料藥生產，約占全行業的80%。
中國化學制藥工業協會環保工程師張道新表示，化學原料藥生產一般都是投入產出比大，產品產出率低，污染物產生量較大；產生的污染物的種類、特性與數量，與生產品種所需原輔料、工藝過程、工藝條件、產出物及管理水平的直接相關。其特點是，污染物種類多、單類數量少（經濟利用度不高）、具有生物毒性、濃度高、排放基本無規律、不連續不均衡、難進行生化處理。“高濃度廢水治理一直是困擾化學原料藥生產發展的難題。”
據了解，化學原料藥的廢水來源包括車間工藝用水、設備管線清場清洗廢水、藥物提取或精制工序固液分離產生的廢水、車間員工清潔用水及廠區生活廢水等。同時，廢水來源還包括鍋爐排污水、外排的冷卻水等。在企業的廢水中，廢水中則溶入了生產過程中使用的全部物料成分，其中包括藥物中間體、未知物和目標物（殘留的產品）；還包括廢水在混合有氧與缺氧條件下的新產物。
在國家水專項調研中，制藥企業的達標狀況堪憂：能夠達到制藥行業水污染物排放新標準限值的制藥企業數量相當少，化學合成類、發酵類、制劑類制藥廢水達標率分別為9%、12%和30%。
另據調查，目前國內大部分城鎮污水處理廠對制藥工業廢水的納水要求為COD≤300mg/L，即使這樣，仍有部分化學合成類、發酵類制藥企業達不到要求，化學合成類比例高達46%，發酵類為16%。
化學原料藥生產廢水處理難度大的另一個原因，就是企業根據市場需求經常調整產品與產量，新生產狀況產生的污染負荷與原處理設施的生物系統、運行參數發生沖突，往往會造成一段時間的不達標的問題。
以化學原料藥廢水污染治理為例介紹說，“不同產品、不同工藝、不同生產裝備、不同管理水平產污量大不相同，不同的企業不能用類同的治理技術與工藝治理。”