生物同時脫氮除磷，要求系統具有厭氧、缺氧和好氧環境。厭氧/缺氧/好氧法可滿足這一條件。
脫氮和除磷是相互影響的。脫氮要求較低負荷和較長泥齡，除磷卻要求較高負荷和較短泥齡。脫氮要求有較多硝酸鹽供反硝化，而硝酸鹽不利于除磷。設計生物反應池各區(池)容積時，應根據氮、磷的排放標準等要求，尋找合適的平衡點。
脫氮和除磷對泥齡、污泥負荷和好氧停留時間的要求是相反的。在需同時脫氮除磷時，綜合考慮泥齡的影響后，可取10～20d。
AAO（又稱A2O）工藝中，當脫氮效果好時，除磷效果較差。反之亦然，不能同時取得較好的效果。針對這些存在的問題，可對工藝流程進行變形改進，調整泥齡、水力停留時間等設計參數，改變進水和回流污泥等布置形式，從而進一步提高脫氮除磷效果。