根據以上，碳源的選擇，不是單純的經濟帳，而是與穩定運行實際相緊密結合的。科學的選擇碳源，才能有效的降低污水處理廠的運行成本和污水處理廠的穩定運行。
隨著污水脫氮要求的提高，新興起專業生產碳源的企業，他們通過生物工程原理，對一些糖類、農產品廢料等進行發酵，生產無毒無害的生物制品，主要組分是小分子有機酸、醇類、糖類。
投加成本是碳源的當量COD價格 投加量的綜合算法，需要理論計算加實際運行的投加量確定。
隨著水資源的短缺和環境污染的加劇，現有污水處理廠的出水指標更加嚴格，對出水總氮有了更明確的要求。這就需要污水中有比較充足的碳源，從而通過硝化反硝化去除總氮。傳統工藝中去除1個TN需要4個BOD，即去除1mg/L的TN需要4mg/L的BOD，所以傳統工藝中在去除總氮的過程中會大量消耗碳源。現在很多污水處理廠面臨碳源不足的問題，為了使出水總氮達標，不得不人為投加碳源。
目前，解決碳源不足的問題，主要考慮外加碳源(如甲醇、乙醇、乙酸鈉和葡萄糖等)，但是這樣會大大增加污水處理廠的處理成本。研究表明，采用甲醇作為碳源的成本相當于水廠運行管理成本的70％之多，或者將富含可生物降解有機物的工業廢水投加到城市污水中，然后這樣會增加額外的運輸費用。