采用AAO工藝進行污水處理時，需提前做好污水處理廠運行方案，進行污水成本含量的收集，編寫好操作視頻的規范流程，針對現場運作人員的狀況進行相關操作培訓，制定設備儀表盤的控制，水處理廠調試方案設計中根據設備操作及工藝培訓的情況，進行污水處理。
AAO工藝運行調試時，要按照設備的要求，檢查格柵的堿度、配電等是否符合國家的相關規定，開啟格柵除污器進行格柵的運行。水泵機組成中螺栓連接要完好，檢查水泵運行的情況盒配電功能。檢查砂水分離器安裝的尺寸，確認配電設備是否有問題，檢查風機的運轉情況，檢查各項裝置的運轉和安裝情況，確定現場設備調試到最優程度。
污水處理廠采用AAO工藝，依據厭氧、缺氧、好氧的條件進行各項微生物的配合，注意去除有機物。另外需特別注意幾項影響因素，需控制好溫度、pH值、溶解氧、C/N比、污泥齡、硝酸鹽等因素。
AAO運行時，溫度可以增加細菌的增殖速度及活性，具體可以根據好氧、缺氧、厭氧的階段進行溫度處理。好氧階段硝化反應溫度范圍一般在5～35度之間，根據溫度升高可以加快反應速率，選擇硝化反應活躍的適宜溫度區間。缺氧階段反硝化反應在5～27攝氏度，同時跟溫度呈現線性相關關系。
污水處理廠水質pH值在厭氧階段要注意生物除磷系統pH的范圍，控制合適的pH值，如果出現pH值不合適的情況，需要提前進行調整，避免污泥出現中毒的情況，減少硝酸硝化細菌的pH值反應。
最后AAO污水處理過程中要注意厭氧和硝酸鹽的作用，實現硝酸鹽還原酶的合成。注意硝化細菌的繁殖特點，注意增長速率，在設置中注意降解細菌的分解情況，同時關注系統的情況。