1、沒有分析原水中的有機氮成分
解決辦法：分析原水水質；設置有機氮轉化工藝（如厭氧、水解等工藝）
2、硝化反硝化
2.1、原水碳源不足且未投加額外碳源，導致反硝化進行時碳源不足，難以徹底脫除總氮
解決辦法：精確計算碳源投加量；確定碳源品種。
2.2、硝化液回流比過大，導致反硝化池內溶解氧過高，難以反硝化
解決辦法：調整回流比；優化硝化池結構做法；設置消氧區。
2.3、硝化反硝化池容積計算
解決辦法：精確計算硝化反硝化池容積。
2.4、硝化池風量核算沒有考慮氨氮的需氧量導致氨氮無法轉化成硝態氮
解決辦法：精確計算氨氮生物氧化需氧量。
2.5、硝化池泡沫過多
解決辦法：設置消泡裝置或者噴淋裝置。
2.6、溫度影響反硝化的進行
解決辦法：設置保溫。
2.7、污泥齡的問題
解決辦法：調整排泥量。
2.8、硝化池PH問題。
解決辦法：設置PH投加裝置；自動控制硝化池內的PH值。
廢水中含有機氮；含有機氮廢水大多具有難降解、高氮低碳、 成分復雜等特點。
這些廢水中的有機氮能否有效分解直接影響整個系統對于總氮的處理效果，所以廢水中有機氮的降解及其降解所產生的氨氮的去除是這類廢水處理的重點和難點。