從經濟角度看，微生物處理廢水的成本較低；從環境污染角度看，沒有二次污染，對環境影響不大；從處理效果看，它不僅可以去除有機物、病原體和有害物質，而且可以去除臭味、提高透明度、降低色度等，處理效果良好。
從這三個方面詳細闡述了微生物處理廢水的優勢。
（1）微生物菌在廢水處理中的經濟消耗包括微生物生長所需的微生物菌種、營養源(碳源、氮源、磷源)和調節廢水PH所需的藥劑；曝氣裝置為微生物提供氧氣源；污水污泥回流裝置、污泥處理裝置等。微生物具有良好的吸附沉降能力，降解能力強，不需要高溫、高壓等苛刻要求，與物理化學方法處理廢水設備和長期投加量相比，處理成本相對較低。因此，目前的污水處理方法是通過物理和化學兩種方法提高廢水的可生化性，然后采用生物法對廢水進行聯合處理。
（2）環境污染：廢水的微生物處理是將廢水中的污染物最終轉化為二氧化碳、氮、水和污泥。二氧化氮、氮和水無毒無害，污泥也可通過污泥消化消化成有機肥，污泥也可用作建筑材料。這充分說明微生物處理廢水不存在二次污染，對環境影響不大。
（3）處理效果：微生物處理廢水，將廢水中的有機物降解為二氧化碳、氮、水和污泥本身，去除有機物；微生物處理廢水，吸附和吞噬廢水中的病原體；微生物處理廢水，將廢水中的有害物質氧化成無毒的位置或吸附在污泥上，去除有害物質，通過吸附、降解和沉淀，提高水質透明度，降低色度。通過篩選合適的微生物菌株，可以降解廢水中的大部分污染物。
目前生物化學處理廢水的微生物主要是利用活性污泥、活性污泥對不同的污水進行自馴化，以適應污水處理的環境。微生物菌可用于污水處理，可檢測廢水中的污染物種類，篩選出合適的細菌，并以共生方式處理廢水，針對性強，相應的處理效果較好。